La vida del JBLDR se gesta a partir del año 1972, cuando la Cátedra de Sistemática Forestal solicita autorización para implantar un arboreto en un sector del predio perteneciente al Instituto de Ingeniería Forestal de la Universidad Nacional de Córdoba, lo que es autorizado por Res. N° 19 de dicha institución, el cual “vendría a llenar un gran vacío para la investigación y educación del Instituto”.
En el año 1975, por iniciativa del Ing. Ftal. Lucas Roic, profesor adjunto de la Cátedra de Botánica Forestal, se presentó el proyecto de creación de un Jardín Botánico, lo que fue aprobado mediante Resolución Rectoral N° 331, del 26 de septiembre del mismo año, señalando entre sus considerandos que el mismo aportaría al mejor conocimiento y aprovechamiento de la flora autóctona santiagueña, además de poder a disposición de las cátedras material didáctico y de investigación de imprescindible importancia.
En agosto del año l978, se firmó el primer convenio de colaboración con la Municipalidad de la Ciudad de Santiago del Estero con el fin de dar comienzo a las tareas de la preparación del sitio, construcción de la infraestructura básica, y el establecimiento y mantenimiento de las plantaciones. Las primeras plantaciones se efectuaron durante el invierno del año l980, mientras que la inauguración de la infraestructura básica se llevó a cabo el 20 de noviembre del año l981.
En 1984 el Honorable Concejo Deliberante de la Ciudad de Santiago del Estero mediante Ordenanza Nº 1004, autorizó al Departamento Ejecutivo a celebrar un nuevo convenio de colaboración, “…destinado a regular las prestaciones de cada una de las partes, con miras a asegurar el normal funcionamiento y desarrollo del Jardín Botánico de la Universidad…”. El convenio, firmado por el Rector de la Universidad y el Intendente Municipal, continúa en vigencia y en plena aplicación, afianzando una colaboración entre instituciones que ha superado los 30 años.
En el año 2011 la totalidad del predio del Jardín Botánico constituido por 20 hectáreas que fueran originalmente donadas por el Gobierno de Santiago del Estero a la Universidad Nacional de Córdoba, quien luego lo transfirió a la UNSE, se constituye en la primera Reserva Natural Urbana de la provincia por Resolución Nº 146/11 del HCS de la UNSE, la que tenía como objetivos primordiales revalorizar la presencia y uso de los espacios verdes naturales en áreas urbanas y fortalecer acciones institucionales en vistas a la educación ambiental y la participación ciudadana en la conservaciones de la biodiversidad.
Actualmente ocupa una superficie de aproximadamente 5 ha, emplazado a orillas del río Dulce, en el sector noreste de la ciudad de Santiago del Estero, en el cual se encuentran las colecciones arbóreas y arbustivas de especies nativas y exóticas, muchas de ellas implantadas desde el año 1975.