Entre los principales objetivos generales del JBLDR se señalan los siguientes:
- Contribuir a la conservación “ex situ” de especies nativas y exóticas de interés económico o ambiental.
- Aportar al conocimiento sobre la flora regional, mediante la catalogación y el estudio de las especies presentes en la región.
- Relevar el conocimiento etnobotánico local sobre especies vegetales de interés, con particular énfasis en aquellas autóctonas de la región.
- Promover actividades de difusión y capacitación relacionadas con la conservación de la naturaleza, el conocimiento de especies vegetales y la educación ambiental, dirigidas a la población en general, a docentes y estudiantes de lo distintos niveles del sistema educativo.
- Contribuir a la revalorización de los espacios verdes en áreas urbanas.
- Diseñar y ejecutar programas y proyectos de investigación en disciplinadas relacionadas con la diversidad biológica, la etnobotánica, la botánica aplicada, la conservación de la biodiversidad y la educación ambiental.
- Promover el intercambio científico, material biológico y experiencias vinculadas a la conservación de especies con otras instituciones y centros de investigación.
- Proveer asistencia técnico-académica y servicios en la disciplina a presiónales, investigadores y extensionistas, en cuanto respecta a la comunicación de los resultados de la investigación, además de servicios vinculados a la identificación de especies de interés, asistencia técnica sobre el desarrollo de áreas verdes y el uso de las especies con diversos fines.
- Promover y acompañar iniciativas para la formación y acrecentamiento de colecciones de vegetales vivos, con especial énfasis en especies forestales y especies leñosas en general, en ámbitos públicos o privados.
- Prestar servicios de carácter cultural a la comunidad en general.